Ravnatelj predstavlja i zastupa Institut, a za svoj je rad odgovoran Upravnom vijeću Instituta.
Na sjednici održanoj 22. studenoga 2024. godine, Upravno vijeće Ekonomskog instituta, Zagreb donijelo je odluku kojom je za ravnateljicu Ekonomskog instituta, Zagreb za mandatno razdoblje 22.11.2024. - 21.11.2028. imenovalo dr. sc. Ivanu Rašić.