Tijekom pristupanja Hrvatske Europskoj uniji uočena je nedovoljno brza integracija Hrvatske prema EU u područjima tržišta proizvoda i usluga, tržišta rada kao i na području tržišta kapitala. Sporije integracije u tim područjima objašnjene su nedovoljnom institucionalnom izgrađenošću kao i nedovoljnom konkurentnošću naše privrede u odnosu na razvijene zemlje EU 15, kao i u odnosu na napredne zemlje unutar EU 13 (zemlje Višegradske skupine).
Nedovoljna institucionalna izgrađenost opisivala se: 1) nepostojanjem zakonske regulative u pojedinim društveno-ekonomskim područjima; 2) nedovoljno preciznom zakonskom regulativom; kao i 3) nekonzistentnošću zakonskih normi u pojedinim područjima.
Danas sveprisutnost tehnologija stvara nove izazove za institucije jer otvara nova područja analize. Riječ je o područjima zaštite privatnosti podataka, sigurnosti korisnika tih podataka, kao i regulative korištenja takvih tehnologija i to zbog činjenice da je to način očuvanja povjerenja građana u suvremene oblike tehnologija. Za naše znanstvenike i znanstvenice glavno područje istraživanja u kontekstu institucija pitanje je kvalitete javne uprave. Ponajprije se to odnosi na percepciju korupcije u različitim društveno-ekonomskim područjima. U tom kontekstu analiziraju se prepreke obavljanja poslovanja koje su povezane s korupcijom. Radovi su usmjereni i prema traženju učinkovite antikorupcijske politike, kao i prema analizi povjerenja građana u same institucije.
Za znanstvenike i znanstvenice na Ekonomskom institutu, Zagreb važno je i pitanje funkcioniranja javne uprave kao i traženja načina učinkovitog upravljanja državnom imovinom te pitanje optimalnog upravljanja financijama unutar većih poduzeća koja se nalaze na burzi u Hrvatskoj.