Inovacije i aktivnosti istraživanja i razvoja danas su postale sveprisutne teme u ekonomiji. Razlog leži u činjenici što su visoko inovativna gospodarstva ona koja postižu najveću razinu konkurentnosti. Osim toga, danas se inovacije smatraju osnovnom polugom društveno-ekonomskog razvoja nacionalnih ekonomija. Unutar Ekonomskog Instituta, Zagreb znanstvenike i znanstvenice ponajprije zanima inovativnost na razini poduzeća, kao i funkcioniranje inovacijskih sustava na nacionalnoj i regionalnoj razini. Što se tiče analiza inovativnosti, naglasak je na analizama inovativnosti na razini poduzeća i to kod malih i srednjih poduzeća.
Dodatno, vrlo je važan fokus istraživanja na Institutu i analiza učinaka djelovanja pojedinih inovacijskih programa, kao i analiza učinaka djelovanja poreznih olakšica pri istraživačko-razvojnim projektima na ukupnu razinu inovativnosti u Hrvatskoj. Činjenica je da se veća razina inovativnosti pojavljuje kod poduzeća u stranom vlasništvu u odnosu na ona u domaćem vlasništvu, što se objašnjava prisustvom izravnih stranih ulaganja (ISU) u tim poduzećima. Iz tog razloga naše istraživače zanima utjecaj transfera znanja na inovativnost poduzeća kao i utjecaj transfera znanja koji se događa pri ISU na njihovu produktivnost.
Konačno, opće je poznata činjenica kako povećanje razine inovativnosti ovisi i o dostupnosti financijskih sredstava u nacionalnoj ekonomiji. Zbog toga se kao važno pitanje koje istražuju znanstvenici na Ekonomskom institutu, Zagreb ističe dostupnost financijskih sredstava i njihov utjecaj na inovativnost, kao i determinante financiranja inovacija na makro i mikro razini.