Specijalizacije Ekonomskog instituta, Zagreb za određene teme unutar ekonomskih znanosti se prirodno očituju i u istraživanjima znanstvenika Instituta koja se odnose na hrvatsku ekonomiju. Naime, osim što u sklopu tih tema znanstvenici objavljuju opća i komparativna istraživanja, oni se bave i primijenjenim istraživanjima, odnosno konkretnije, istraživanjima specifičnih karakteristika i problema koje hrvatska ekonomija bilježi u sklopu tih tema.
Drugim riječima, znanstvena istraživanja i stručni rad Instituta pokrivaju teme vezane za hrvatski financijski sustav, prekogranične tokove kretanja kapitala, roba, usluga i ljudi, hrvatske makroekonomske te institucionalne i sektorske specifičnosti. Ekonomski institut, Zagreb također ima dugu tradiciju u istraživanjima vezanim uz hrvatsko tržište rada, mirovine i starenje, nejednakosti i socijalnu politiku. Osim fokusa na ekonomske teme na nacionalnoj razini, istraživanja institutskih znanstvenika usmjerena su i na probleme vezane za hrvatski lokalni i regionalni razvoj, povezanost ekonomije i okoliša i turističku aktivnost. Naši istraživači se također vrlo aktivno bave i istraživanjem aktivnosti inovacija i razvoja u Hrvatskoj, ekonomikom zdravstva i analizom ponašanja i preferencija potrošača.